Игра начинается, когда Узумаки Наруто только-только стал полноправным шиноби, получив повязку с потектором своей деревни, когда только-только сформировалась команда номер семь и когда только-только начались приключения первого по непредсказуемости ниндзя.

Команда номер семь отправляется на свою первую миссию - сопровождение плотника Тазуны - которому поручено провести сообщение своей деревни со Страной Воды. Пока команда находится на задании, в Конохагакуре но Сато происходит ужасное - умирает Третий Хокаге. Старейшины озабочены вопросом - кто же заменит Хирузена и станет следующим каге?
До великого жабьего отшельника дошли слухи о кончине старого учителя, и тот, решив проститься с сенсеем, прерывает свои странствия и возвращается в Скрытый Лист. И вот, казалось бы, появился единственный и идеальный кандидат на пустующий пост, но Джирайя решительно отказывается, ссылаясь на то, что у Хирузена, помимо него, была еще ученица, внучка первого хокаге, и она подходит на этот пост куда лучше.
О местонахождении Тсунаде было мало, что известно. Ходили слухи, что она скрывается от долгов в Стране Воды. Что же, Джирайя решил начать поиски именно оттуда.
Тем временем, пока Скрытый Лист лишился хокаге и ситуация в деревне крайне нестабильна, другие скрытые деревни не хотят упускать такой прекрасный шанс. Сунагакуре и Отогакуре решили объединить свои силы против Листа, а приближающийся экзамен на звание чуунина - прекрасная возможность воплотить планы в жизнь.